O Departamento criou em 1986 o INEGI- Instituto de Ciência e Inovação em Engenharia Mecânica e Engenharia Industrial, que é um Centro de Tecnologia e Inovação (CTI), vocacionado para a realização de atividades de investigação e de inovação de base tecnológica, transferência de tecnologia, consultoria e serviços tecnológicos, orientadas para o desenvolvimento da indústria e da economia em geral.Os docentes associados ao Departamento de Engenharia Mecânica realizam projetos de investigação integrados em unidades da FCT, nomeadamente, mas não exclusivamente, às pertencentes ao INEGI.